تضم جامعة الفنار اربعة عشر مركزا ووحدة ذات طابع خاص وهم:

1- مركز تقنية الشبكات والاتصالات

2- مركز اللغات والترجمه

3- مركز رعاية المبتكرين والموهوبين

4 – مركز ضمان الجوده والإعتماد الأكاديمى

5- مركز ريادة الأعمال

6- مركز العمل التطوعى والعمل المدنى

7 – وحدة التوظيف ومتابعة الخريجين

8 – وحدة المكتبه الرقمية المركزية ووحدات التراث الحضارى والفنى

9- وحدة الإبتعاث والتعاون الدولى

10 – مركز تنمية الموارد البشريه

11- وحدة التخطيط الاستراتيجي ومتابعة السياسات

12- وحدة رعاية ذوى الاحتياجات الخاصة (اصحاب الهمم)

13- مركز الصيانة والسلامة المهنية

14- مركز الشراكة الدولية