تضم جامعة الفنار سبعة كليات وهم:
1- كلية الهندسة
2- كلية طب الفم والاسنان
3- كلية الاعلام
4- كلية الصيدلة
5- كلية العلاج الطبيعي
6- الكلية التكنولوجية
7- كلية الفنون والتصميم